O Deputado Federal ou Senador pode ser preso se for condenado em processo criminal com trânsito em julgado?

SIM. O § 2º do art. 53 da CF/88 veda apenas a prisão penal cautelar (provisória) do parlamentar, ou seja, não proíbe a prisão decorrente da sentença transitada em julgado, como no caso de Deputado Federal condenado definitivamente pelo STF.

STF. Plenário. AP 396 QO/RO, AP 396 ED-ED/RO, rel. Min. Cármen Lúcia, 26/6/2013 (Info 712).