A mera inscrição de estado-membro em cadastro de inadimplência da União em sede de convênio implica conflito federativo?

SIM.
De acordo com o STF:

O Supremo Tribunal Federal é originariamente competente para processar e julgar as causas que revelem potencial conflito federativo entre a União e os Estados-membros (art. 102, I, ‘f’, da CRFB/88), como nos casos em que se discute a inscrição destes nos cadastros federais de irregularidades ou inadimplência.

2. A União é parte legítima para figurar no polo passivo das ações em que Estado-membro impugne inscrição em cadastros federais de inadimplentes e/ou de restrição de crédito.

STF. Plenário. ACO 2764 AgR, Relator p/ Acórdão Min. Luiz Fux, julgado em 16/10/2017.